Annak ellenére, hogy Ferenc pápa nagyon jótékony hatással van a katolikus egyházra, történelmében nemcsak fehér, hanem fekete csíkok is voltak. Itt van a tíz legfontosabb botrány, amely felbukkant a Vatikánban, kezdve a titkos anyagokat és a holttestek tárgyalását.
- 18 éves korában XII Jánosot választották a Szentszék örökösévé. Név hamarosan meghajolt az egész világon: a fiatal pápa többször magánéletének köszönhetően vonzotta a közvélemény figyelmét, amelyet sokkal jobban érdekelt, mint az egyház ügye. A John ellen indított vádak listája tartalmazott egy záradékot, miszerint a fiatal pápa démonokat hívott össze, megölt és megkínozott embereket, és gyakran szerencsejátékot is játszott. Néhány történész azt állítja, hogy XII. János sok érdeklődést vetett fel a házas nőkkel. Pápaság 964-ben véget ért, amikor szívrohamban halt meg, állítólag időt töltve egyik szeretőjével.
- Úgy tűnik, hogy az 1470-es években IV. Sixtus pápa mindenütt „érett”. Hat illegitim gyermek volt, akik közül az egyik nővéreivel fennálló kapcsolatának eredményeként született. Érdemes megjegyezni, hogy a pápa saját elveivel rendelkezik. Nagyon sok pénzt hozott az egyháznak azzal, hogy prostitúcióktól adókat gyűjtött be. Sőt, IV. Sixtus elrendelte a papoknak, hogy fizetjenek pénzt a szeretőik jogaiért. A pápa ugyanakkor nemcsak heves személyes élete miatt tudta írni a nevét a történelemben: a Sixtus-kápolnát (Cappella Sistina) a nevét nevezték el.
- VI. István pápa könyvében írta, hogy a bosszú különösen édes a halál után. Talán ezért követelte előde, Formosa pápa holttestének kimenetét, hogy bíróság elé küldje. Az elhunyt pápa testét sok bűncselekményben bűnösnek találták, ideértve azt a szokását is, hogy ezt a méltóságot megmenekülve érseknek nyilvánítsa magát. Stefané pápa cselekedete után szintén nehéz sors előtt állt: letartóztatták és börtönbe dobták, ahol 897-ben meghalt.
- A katolikus egyház titkos dokumentumainak botrányos kiszivárgása ellenére, a Vatikán titkos nyilvántartása első ízben 1869-ben került a nyilvánosság kezébe, amikor a német kiadvány közzétette IX. Pius pápa tárgyalásait a tisztviselőkkel, ahol megvitatta a racionalizmus, a liberalizmus és a materializmus hatásait.
- Az egyik legnagyobb botrány 2010-ben történt a Vatikánon, árnyékot vetve XVI. Benediktus pápaságának ideje alatt. Négy évvel ezelőtt az újságírók megtudták, hogy pápa asszisztense, Angelo Balducci és Chinedu Thomas Ehiem, a Szent Péter-székesegyház kórusának tagja részt vettek a férfiak prostitúciójában. A rendõrség megállapította, hogy Balducci részt vesz ebben az ügyben, amikor megcsapják az Eichem-et, aki részt vett a fiatalok közvetlen tisztviselõjénél. A nyomozók abban a pillanatban biztosak, hogy a kórus összesen legalább 10 találkozót szervezett Balduinak fiatalokkal, köztük egy modell srácot és egy rögbi játékosot.
- 2013 elején a Vatikán súlyos pénzügyi problémákkal szembesült, amikor az Olasz Központi Bank abbahagyta a bankok ATM-einek kiszolgálását a Vatikánban, mivel a hatóságok nem tartották be az összes, a pénzmosás. A műanyag kártyák használatának hiánya napi mintegy 3000 eurót fizet a Vatikánnak február 12-ig, amikor a svájci bank vállalta, hogy biztosítja a tétlen ATM-ek stabil működését.
- 2013. június 28-án Nunzio Sczrano-t, a számviteli osztály korábbi vezetőjét, két bűntulajdonosával, egy korábbi kémmel és pénzügyi szereplővel együtt letartóztatták. Bemutatták 20 millió eurós csempészet díjaamelyet magángéppel szállított. Később a tisztviselő ügyvédje elmagyarázta, hogy az osztálya megtagadja a bűntudat beismerését. Ez a botrány a Vatikán Bank elnöke és helyettese lemondását kényszerítette.
- 1982. július 19-én Roberto Calvi holttestet, más néven „Isten bankárja” néven találták meg a Blackfriars hídon. A Milan Milan Ambrosiano Bank elnöke (amelynek fő részvényese a Vatikán) különösen nagy összegek külföldre illegális kivitelével vádolták. A férfi Londonba repült, ahol meggyilkolták. Ekkor az amerikai érsek, aki szintén részt vett a Calvi-ügyben, mentelmi jogot kapott.
- Katolikus papság pedofíliában vádolták, rágalmazás miatt letartóztatták, miután kijelentette, hogy a meleg prostitúció virágzik a Vatikánban. Patricio Poggi-t őrizetbe vették, miután a nyomozók hazugságot gyanították kijelentéseiben. Podgy korábban azt állította, hogy a volt rendőr felel a melegek kereséséért.
- 2012. május 23-án letartóztatták Benedict pápa „jobb kezét”, Paolo Gabriele-t, aki a Vatikán bizalmas dokumentumait továbbította Gianluigi Nuzzi olasz újságírónak. Azonnal sietett felfedni a korrupció megléte a Vatikán falain belülGabriele-t pedig lopásért büntették. 2012 októberében 18 hónapra házi őrizetbe vették.
